המסלול בישיבה אורך כ4 שנים ומתחלק בכל שנה לשיעורים משיעור א-ד
לאחר טעינה רוחנית ראשונה בישיבה מתגייסים התלמידים בסוף שיעור א' , ורובם פונים לתפקידים קרביים במגוון יחידות בצבא . המוטיבציה לגיוס ולשירות משמעותי של בני ישיבות ההסדר מוערכת מאוד בצבא ובעם כולו, תלמידי ישיבת ההסדר אורות יעקב ממשיכים את המסורת ומקדשים שם שמיים בשירותם.
התלמידים חוזרים באמצע שיעור ג לתקופת לימודים נוספת של עוד שנה וחצי בישיבה.
במהלך השירות הצבאי התלמידים נמצאים תחת מסגרת מדור בייני"ש ובמחלקה המתאימה לבני הישיבות. ,
רבני הישיבה רואים חשיבות עליונה בליווי תלמידיהם גם בעת שירותם הצבאי ושומרים עימם על קשר שוטף וביקורים בשטח.